有研究表明，咖啡可能会降低肝癌和子宫内膜癌风险；还有证据表明咖啡可降低男性与女性口腔、咽和喉部癌症、基底细胞皮肤癌以及女性恶性黑色素瘤风险。
咖啡降低某些癌症风险的潜在机制尚不完全清楚。科学家在烘焙过的咖啡中发现了数百种具有生物活性的化合物，如咖啡因、黄酮类化合物、木脂素和其他多酚等，可以增加人体能量消耗，抑制细胞损伤，调节参与DNA修复的基因，具有抗炎特性和抑制转移作用；咖啡还可以影响肠道转运时间和致癌物的肝脏代谢。科学家认为这些因素，可能有助于降低某些癌症风险。
不过，也有研究表明，饮用65℃以上的热饮，如咖啡和茶，可能会增加食管癌风险。在适中（不是非常热）的温度下，饮用咖啡和茶可能有好处。
此外，咖啡饮用不宜过量。美国食品药品监督管理局（FDA）指出，对于健康的成年人，每天400毫克——大约四到五杯咖啡——通常不会发生危险的不良影响，但不能摄入纯咖啡因或高浓度咖啡因。美国妊娠学会（APA）建议怀孕期间最好不要摄入咖啡因；美国儿科学会（AAP）不建议儿童和青少年摄入咖啡因。